Сын протоиерея Владимира Амбарцумова, расстрелянного на Бутовском полигоне в конце 30-х годов, прославленного в лике святых как священномученик. 1940 году Евгений с отличием окончил литературный факультет Московского областного педагогического института, а в июле 1943 года он был мобилизован на фронт Великой Отечественной войны в качестве санинструктора. Награжден медалью «За отвагу». После войны Е. Амбарцумов поступил на работу в библиотеку Государственного литературного музея, с 1947 года работал в научной библиотеке Института литературы Академии наук в должности главного библиографа, а затем директора. В 1951 году Евгений Владимирович стал библиотекарем Ленинградской духовной академии. В том же году епископ Лужский Симеон (Бычков) рукоположил его во диакона, а через три дня во пресвитера. В 1959 году был возведен в сан протоиерея. В 1967-1969 годах протоиерей Евгений был настоятелем Князь-Владимирского собора Ленинграда. В 1969 году прот. Евгению присвоена степень кандидата богословия и ученое звание доцента. Почил протоиерей Евгений 26 ноября 1969 года