Определением Священного Синода от 31 марта — 1 апреля 1999 г. архимандрит Елисей (Ганаба), секретарь Отдела внешних церковных сношений по межправославным связям и загранучреждениям Русской Православной Церкви, назначен представителем Московского Патриархата в Эстонии с сохранением возложенного на него послушания.
8 октября 2000 г. постановлением Священного Синода назначен представителем Патриарха Московского и всея Руси при Патриархе Антиохийском и всего Востока.
Определением Священного Синода от 12 марта 2002 г. назначен начальником Русской Духовной Миссии в Иерусалиме и освобожден от должности Представителя Патриарха Московского и всея Руси при Патриархе Великой Антиохии и всего Востока в г. Дамаске, Сирия.
Решением Священного Синода от 6 октября 2006 г. (Журнал №111) архимандриту Елисею, начальнику Русской Духовной миссии в Иерусалиме, определено быть епископом Богородским, викарием Корсунской епархии, с поручением ему управлять Сурожской епархией.
24 ноября в домовом храме во имя Всех святых, в Земле Российской просиявших, Патриаршей резиденции в Даниловом монастыре, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил наречение архимандрита Елисея (Ганабы) во епископа Богородского, викария Корсунской епархии.
26 ноября 2006 г., в день памяти святителя Иоанна Златоуста, архиепископа Константинопольского, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил Божественную литургию в кафедральном соборном храме Христа Спасителя. За литургией Предстоятель Русской Православной Церкви совершил хиротонию архимандрита Елисея (Ганабы) во епископа Богородского, викария Корсунской епархии.
Определением Священного Синода Русской Православной Церкви от 27 декабря 2007 г. (Журнал №118) назначен правящим архиереем Сурожской епархии.