Богослужебный устав играл слишком большую роль в жизни маросейского храма и его настоятеля. А дальнейшее развитие событий давало лишь новые поводы для отмежевания клённиковского пастыря от официальной линии церковной администрации.
«Я, – вспоминал он, – был не согласен с заявлением [митрополита] Сергия… о том, что Церковь в данный момент находится в условиях такой свободы, которая никогда не была ей предоставлена, как не соответствующим действительности. В самом деле, церкви как в Москве, так и в провинции закрывались, все приходило в запустение. И митрополит Сергий утверждая… обратное, действовал в угоду Советской власти, своим авторитетом руководителя Церкви прикрывал проводимую Советской властью политику притеснения Церкви… Я отъединился от него, замкнулся в своем храме, не исполнял тех его
распоряжений, которые противоречили церковному уставу и моей совести».
Ссылаясь на свою «немощную совесть», отец Сергий, тем не менее, не считал свое решение единственно правильным в тот непростой и соблазнительный период церковной истории. «Если вы не разделяете моего пути, идите своим, но я не могу идти по другому» – говорил он своим чадам. А чада доверчиво шли за своим пастырем по пути неприятия новой церковной политики. «Для него даже в мелочах неприемлем был компромисс – душа его не переносила и тени неискренности, он не мог быть другим» – вспоминала одна из его духовных дочерей. Сыграла свою роль и позиция духовника отца Сергия, преподобного Нектария Оптинского. Старец Нектарий также не поминал за богослужением имени митрополита Сергия.