Преподобный Иннокентий Комельский, Вологодский, родился в Москве и происходил от рода московских князей Охлябининых. Он принял монашество в монастыре преподобного Кирилла Белозерского († 9 июня 1427 года) и был отдан в руководство преподобному Нилу Сорскому († 1508, память 7 мая).
Преподобные Иннокентий и Нил странствовали по Востоку и побывали в Палестине, Константинополе, провели несколько лет в Афонских монастырях. Вернувшись на Русь, святые поселились не в самом Кирилло-Белозерском монастыре, а в уединенной келлии за монастырской оградой. Из любви к пустынножительству они затем удалились в непроходимый лес на реку Сору, за 15 верст от монастыря. Здесь они водрузили крест, выкопали колодец и поставили себе келлии отдельно, по образцу скитских пустынножителей. С большим трудом на болотистой местности была устроена церковь. Отшельники вели суровую жизнь.
Предвидя свое преставление, преподобный Нил послал святого Иннокентия на реку Нурму и предсказал ему: «Бог тебя прославит там, и обитель у тебя будет общежительная, моя же пустыня после смерти моей останется такой же, как при моей жизни, и братия по одному будут жить в своих келлиях».
По преставлении преподобного Нила, его святой ученик ушел в Вологодские пределы и в 1491 году поставил келью на речке Еде, впадавшей в реку Нурму. В скором времени к нему стали собираться ученики. Следуя завету учителя, преподобный Иннокентий ни у кого не спрашивал вкладов.
Тридцать лет трудился преподобный Иннокентий в устройстве монастыря. На основании творений святых отцов и особенно писаний преподобного Нила Сорского, он оставил для братии наставления. Преподобный Иннокентий завещал прежде всего избегать ссор и споров и просил хранить любовь о Христе и мир духовный. Святой запретил принимать и постригать в своей пустыни юных и безбородых иноков, вводить в пустынь женщин. Выходивший из пустыни инок терял право на келлию, а если возвращался, то мог занять ее лишь с согласия настоятеля и братий. Будущую церковь преподобный просил освятить во имя святого и великого Иоанна Предтечи, Крестителя Господня, в воспоминание третьего обретения его честной главы (празднуемого 25 мая), ибо святой Иоанн – наставник всем инокам и пустынножителям (в дальнейшем монастырь стал называться Преображенским по главному храму).
Скончался преподобный Иннокентий 19 марта 1521 года. Согласно завещанию он был погребен в углу монастыря близ болота. На могилу его был положен камень, на котором записан год, месяц и день преставления.