Катастрофа в Индии
То, что уже три месяца происходит в Индии можно назвать катастрофой. Ежедневно в стране выявляют около 400 тысяч заболевших ковидом. При этом доля положительных тестов ото всех сделанных — параметр, косвенно указывающий на соответствие итоговых цифр реальной ситуации — доходила до 25%, а значит, на самом деле инфицированных еще больше. Для сравнения, в Германии, где эпидемия медленно, но идет на спад, положительными оказываются всего 5% тестов, а пиковое значение не превышало 14%.
И хотя в последние дни ситуация в Индии немного стабилизировалась, в стране по-прежнему не хватает систем обеспечения кислородом — родственники заболевших правдами и неправдами добывают их, в том числе, на черном рынке, аппаратов ИВЛ и просто коек в больницах. Задыхающиеся люди с высокой температурой лежат в коридорах, а многие умирают дома, так и не дождавшись госпитализации.
При этом первый год эпидемии Индия, вопреки опасениям многих экспертов, пережила относительно благополучно — несмотря на то, что ограничительные меры в стране, где живет 1,3 миллиарда человек, из которых почти треть находятся за чертой бедности, соблюдать, мягко скажем, непросто. Хотя в первую волну власти честно пытались.
С вакцинацией от коронавируса на полуострове тоже все грустно: несмотря на помощь западных стран, по состоянию на 30 мая, всего вакцину получили 203,1 миллиона человек. В абсолютных цифрах это много — скажем, в России, по заявлениям разных чиновников, к 12 мая вакцину получили то ли 14, то ли 21,5 миллиона человек, — но в пересчете на общее население Индии полностью вакцинировано всего 3% процента жителей, одну дозу получили 12%. И хотя сами привитые защищены от тяжелого течения ковида, замедлить распространение вируса за счет коллективного иммунитета при такой мизерной доле привитых невозможно.
Однако несмотря на слабые сдерживающие меры, довольно долго количество инфицированных SARS-CoV-2 оставалось на более или менее приемлемом уровне.
Как вдруг в марте 2021 года цифры начали стремительно увеличиваться. Сначала взрывной рост наблюдался только в Махараштре, потом смотрящие практически вертикально вверх экспоненты стали появляться на графиках учета новых инфицированных и в других штатах.
Индийский вариант коронавируса и его мутации
Причиной внезапного изменения динамики эпидемии стал новый вариант коронавируса, В1.617, он же индийский вариант.
Эта версия SARS-CoV-2 несла сразу много неприятных мутаций, которые мы уже видели у других коронавирусных вариантов, вызывавших проблемы, например, британского (В1.1.7), южноафриканского (В1.351) или бразильского (Р.1). Все эти мутации расположены в гене спайк-белка, который отвечает за связывание с клеточным рецептором ACE2 — уцепившись за него, вирус проникает внутрь клеток.
Дополнительно В1.617 обзавелся мутацией в так называемом фуриновом сайте спайк-белка. Раньше это изменение не встречалось у вариантов, получивших широкое распространение — предположительно, оно позволяет вирусу, умеющему проникать под мембрану клетки двумя способами, более эффективно использовать один из них.
Эпидемиологические данные и результаты лабораторных тестов показывают, что индийский вариант коронавируса заразнее остальных.
Более того, расшифровывая геномы нового вирусного варианта, ученые обнаружили, что, стремительно распространяясь по Индии, В1.617 успел разделиться на три линии: В1.617.1, В1.617.2 и В1.617.3. Это неудивительно: в стране сотни миллионов неиммунных, и 25 миллионов переболевших, у многих из которых иммунитет после первого заражения уже угасает. Это идеальные условия для выведения новых версий коронавируса.
При каждом делении патоген приобретает случайные мутации, и часть из них могут дать ему преимущество, скажем, позволяя частично ускользать от атаки антител. В неиммунных людях SARS-CoV-2 получает возможность накопить такие мутации, а затем множество слегка измененных его копий проходят отбор в организмах тех, кто уже перенес инфекцию. Вирусы, против которых антитела эффективны, уничтожаются, а вот версии, которые, благодаря мутациям, изменились настолько, что антитела перестали их узнавать, сохраняются и передаются другим неиммунным. В них цикл повторяется, и постепенно те версии, которые лучше обманывают антитела, начинают превалировать.
Это не что иное как самая настоящая эволюция вируса: наш организм пытается победить патоген, а тот в ответ приспосабливается, уходя из-под иммунного ответа. И благодаря современным технологиям и небывалому распространению SARS-CoV-2, мы можем наблюдать эту эволюцию в прямом эфире.
Итак, В1.617 растроился. Первый и третий варианты несут мутацию в спайк-белке в позиции 484 — в этом же месте мутировал, например, южноафриканский штамм. Вирусные варианты с измененными аминокислотами в этой позиции частично уходят из-под действия антител — то есть антитела хуже узнают такие варианты, а значит, человек может заразиться повторно, даже имея противокоронавирусные антитела.
Вторая потенциально опасная мутация, которая есть у В1.617.1, в позиции 452. Опять же, это не уникальное изменение, ученые знают его по варианту коронавируса, обнаруженному в Калифорнии. Мутация в позиции 452 тоже является мутацией ухода: она снижает эффективность как гуморального иммунного ответа (антитела), так и клеточного (Т-клетки-убийцы и не только). У В1.617.2 нет мутации в позиции 484, и по этой причине он хуже выявляется, особенно в странах, где в основном не расшифровывают полные геномы вируса, а проводят скрининг на самые характерные мутации.
Однако именно вторая версия индийского варианта оказалась самой успешной: за несколько недель она тотально потеснила не только В1.617.1 и В1.617.3, но даже вездесущий британский штамм, который до появления конкурента распространялся в Индии так же шустро, как и в западных странах.
Международная экспансия
В1.617.2 отличается от других индийцев не только отсутствием изменений в позиции 484. Он несет уникальную мутацию в позиции 478 и делецию — выпадение сразу нескольких аминокислот — в позициях 157-158. Изменение в 478-й позиции не уникально: его часто находят у вариантов, гуляющих по Мексике, и, похоже, оно помогает вирусу прочнее связываться с рецептором ACE2 и заодно ускользать от антител. Возможно, во многом благодаря ему вторая версия индийского штамма замечательно распространяется, несмотря на отсутствие мутации в позиции 484. Впрочем, есть и другая причина: огромное население Индии глобально неиммунно.
И именно о нем с тревогой говорят специалисты, рассуждая об индийском варианте: количество заражений В1.617.2 неуклонно растет не только в Индии, где вторая версия превалирует, но также в Великобритании, США, Германии, Бельгии и других странах, в том числе в России.
Лучшие данные о новых вирусных вариантах приходят из Великобритании, где определяют последовательности геномов коронавируса у 60% выявленных зараженных. В Лондоне, по данным на начало мая, В1.617.2 был ответственен за 32% новых инфекций, а на северо-западе страны — за 25%. На северо-востоке при этом вторую версию индийского штамма выявили только у 1,5% новых заразившихся. С чем это связано, пока неясно, скорее всего, В1.617.2 был занесен в эту часть острова позже и там пока не образовалось достаточно кластеров — связанных друг с другом цепочек заражений. Всего на конец мая на индийца приходится около 60% новых случаев ковида в Великобритании. Впрочем, учитывая, что у 73,6%(!) британцев уже есть хотя бы частичный иммунитет к коронавирусу, полученный в результате болезни или прививок, общее количество заразившихся невелико.
Помимо данных о распространении второго индийца, англичане отслеживают и его мутации. И, возможно, В1.617.2 нащупал еще одно изменение, дающее преимущество в уже иммунной популяции — ученые видят некоторое количество индийских вирусов с другой аминокислотой в позиции 417 спайк-белка. Ранее было показано, что мутация в этом месте делает вирус более устойчивым к антителам. Точно такое же изменение имеет место у южноафриканского штамма. Раньше у В1.617.2 мутации в этой позиции не было.
Ну и в целом, согласно британским данным, второй индиец заметно заразнее предыдущего чемпиона по этому параметру, то есть британского штамма — возможно, на целых 50%. Кроме того, он лучше остальных штаммов уходит от иммунитета: первая доза вакцины от AstraZeneca защищает от него на 20% хуже, чем от других вариантов коронавируса. Риск заболеть после двух доз также выше, но не так критично.
Прививка мРНК-вакцинами также менее эффективна в предотвращении симптомного ковида, вызванного В1.617.2, особенно если сделана только одна доза. Лабораторные данные по нейтрализации — то есть способности сыворотки переболевших или привитых уничтожать вирус — показывают, что после болезни вероятность заразиться вариантом В1.617.2 тоже вполне реальна. Впрочем, пока все повторно заболевшие или заразившиеся после прививки переносят болезнь легко. И в целом индийский вариант, похоже, не дает более тяжелого течения болезни по сравнению с другими версиями коронавируса.
Тем не менее, в последнюю неделю уровень заболеваемости в Англии слегка подрос — впервые за последние много недель. Очевидно, что значительная часть этого роста определяется вариантом В1.617.2.
Но паниковать и срочно переселяться на необитаемый остров пока рано: в странах с высоким уровнем иммунизации вроде Англии индийцу будет сложно вызвать катастрофу.
Пока многие случаи все еще связаны с завозом вируса: уже когда в Индии бушевала чудовищная волна, из страны можно было относительно просто попасть в Великобританию. И, очевидно, приезжающие оттуда завезли на остров В1.617.2, который начал активно распространяться среди их знакомых и родственников. Это видно по уровню вторичной атаки (secondary attack rate, количество заразившихся среди людей, которые контактировали с инфицированным): он заметно выше для кластеров, связанных с недавно вернувшимися из-за границы, по сравнению с выявленными кластерами, где путешественников нет. Часто это сообщества людей, изначально происходящих из Индии и в целом Юго-Восточной Азии, а в сообществах недавних мигрантов традиционно намного ниже уровень вакцинации.
Так что, хотя нынешняя ситуация с В1.617.2 внешне очень напоминает ту, что была в декабре-январе с британским штаммом, который вызвал огромную волну и привел к необходимости жестких карантинов по всей Европе. Очень вероятно, что с наметившимся ростом заражений удастся справиться при помощи текущих мер контроля, в первую очередь, вакцинации.
А вот в непривитых сообществах сценарий может быть совсем иным — никаких гарантий, что индийский вариант успокоится на достигнутом и не начнет приобретать новые мутации, облегающие распространение, в том числе, среди иммунных, нет. И чем дольше он свободно перемещается по популяции, тем выше шансы на такое развитие событий.